中心以自治区特色作物马铃薯为研究对象开展基础研究和应用研究，研究范围包括：sRNA及染色质功能调控的研究、马铃薯抗晚疫病RB基因功能研究、马铃薯抗晚疫病分子育种、拟南芥种子发育分子机制研究、马铃薯淀粉代谢分子机制和信号转导途径研究、颗粒结合型淀粉合成酶(GBSS)基因RNA干扰、功能分析及特殊淀粉加工新品种的分子育种等科学研究；马铃薯加工型抗病高产新品种常规育种；马铃薯种薯质量检测技术开发应用；种薯、商品薯栽培技术及病虫害综合治理（IPM）；马铃薯贮藏生理、病理等。

基因组育种方向，已开展马铃薯变异组图谱构建、自交衰退机制及分子育种等研究。将解析马铃薯产量、品质等重要农艺性状的遗传机理，获得抗病、抗逆马铃薯基因资源，对于提高马铃薯基础研究水平和培育高产优质新品种具有非常重要的意义。

    马铃薯发育及抗逆方向，已开展马铃薯块茎发生发育机理、淀粉合成代谢途径改造、抗旱转录因子功能及适宜主粮化新品种培育研究等，已获得具有高支链淀粉的加工型马铃薯转基因株系。

    病原菌与马铃薯互作机制方向，已开展马铃薯晚疫病菌中小RNA的调控机制、晚疫病菌中效应子侵染寄主的转运机制、抗晚疫病分子育种、马铃薯病毒与类病毒致病分子机制研究等。