内蒙古自治区马铃薯工程技术研究中心成立于2007年10月，是经内蒙古自治区科技厅批准，依托内蒙古大学，围绕马铃薯产业发展进行基础研究和应用研究的单位。主要从事马铃薯-病原菌互作分子机制、马铃薯基因组、功能基因组，马铃薯种质资源创新与遗传育种、种薯生产与质量检测、马铃薯病虫草害与防治、马铃薯营养与土壤肥料、马铃薯生理调控与贮藏、马铃薯栽培、马铃薯加工、市场经济、数字农业等方向的科学研究。中心旨在通过建立工程化研究和有利于技术创新、成果转化的机制，搭建马铃薯产业关键共性技术研究开发平台，加快科研成果向现实生产力转化，促进产业技术进步和核心竞争能力的提高，推动内蒙古马铃薯产业快速健康发展，同时开展科学研究、人才培养、进行社会服务、学术交流等。2008年中心成为农业部马铃薯现代农业植物病虫害功能实验室，2009年成为内蒙古自治区高校马铃薯工程研究中心，2010年成立内蒙古大学-威斯康星大学马铃薯研究中心，2010年成立内蒙古大学-中科院地理科学与资源研究所马铃薯节水高效栽培技术研究中心。

 中心成立以来，承担了国家科技支撑计划、公益性行业（农业）科研专项、教育部高等学校科技创新工程重大培育项目、教育部新世纪优秀人才支持计划、国家自然科学基金、内蒙古自然科学基金、内蒙古自治区创新引导资金重大项目、国际马铃薯中心合作项目、国家和内蒙古自治区外专局项目等三十多个科研项目，总经费7000余万元。发表论文30余篇，出版专著6本，制定国家标准8部，修订国家标准1部，制定地方标准1部。